Een varkensproefbedrijf had in 2016 een vergunning verkregen voor 221 fokzeugen en 1.848 vleesvarkens. Een milieuvereniging had de gemeente verzocht de vergunning gedeeltelijk in te trekken. Uit meitellingen bleek dat er gedurende drie jaar geen zeugen waren gehouden en op zijn hoogst 1.395 vleesvarkens. Het proefbedrijf had geen bedrijfsgegevens overgelegd waaruit zou blijken dat tijdens deze drie jaren meer vleesvarkens of zeugen waren gehouden.
De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State oordeelde dat de bevoegdheid voor de gemeente tot het (gedeeltelijk) intrekken van een omgevingsvergunning bestaat voor zover er gedurende tenminste drie aaneengesloten jaren minder dieren zijn gehouden dan het aantal waarop de omgevingsvergunning voor die inrichting recht geeft.
Daarbij moet niet het aantal dieren per stal worden bekeken, maar het aantal dieren dat per diercategorie in de inrichting als geheel mag worden gehouden.
De gemeente komt bij de toepassing van deze bevoegdheid beleidsruimte toe. Daarbij moet zij in een individueel geval een gemotiveerde afweging maken of het, gelet op de betrokken belangen, wel of geen gebruik wenst te maken van deze bevoegdheid. De gemeente kan hiervoor ook beleid vaststellen. Dit kan bijvoorbeeld inhouden dat er pas van de bevoegdheid om de vergunning in te trekken gebruik zal worden gemaakt als er drie jaar of langer geen of een bepaald minimum aantal dieren van een vergunde diercategorie in een stal van de inrichting hebben gestaan.
Bij de toepassing van deze bevoegdheid moet de gemeente de relevante belangen inventariseren en afwegen, waaronder de belangen van de vergunninghouder, zoals zijn financiële en bedrijfsbelangen. De gemeente kan met het oog op de rechtszekerheid van de vergunninghouder aan zijn belangen bij het behoud van de vergunning een zwaarwegend gewicht toekennen. Daarbij mag de gemeente verder in aanmerking nemen of het niet gebruik maken van de vergunning aan de vergunninghouder is toe te rekenen.
In de zaak van het proefbedrijf betekende dit dat de gemeente bevoegd was tot het intrekken van de omgevingsvergunning voor het houden van 221 zeugen en 453 vleesvarkens. De gemeente had echter ondeugdelijk gemotiveerd waarom zij het verzoek van de milieuvereniging had afgewezen. De Afdeling droeg daarom de gemeente op een nieuw besluit te nemen op het intrekkingsverzoek met inachtneming van deze uitspraak.